با وجود مزایای فوق، خدمات PaaS برای هر کسب و کاری مناسب نیست و قبل از شروع به استفاده از آنها، باید معایب آنها را در نظر بگیرید. برخی از معایب احتمالی استفاده از راهکارهای PaaS عبارتند از:

وابستگی به یک ارائه دهنده خدمت

ارائه‌دهندگان PaaS از زبان‌های برنامه‌نویسی، کتابخانه‌ها، API ها، معماری‌ها و سیستم‌عامل‌های مختلفی برای ساخت و اجرای نرم‌افزارها استفاده می‌کنند. این مساله جابجایی میان ارائه‌دهندگان PaaS را مشکل می‌کند زیرا باعث می‌شود توسعه‌دهندگان نیاز داشته باشند تا نرم‌افزار خود را بازسازی کرده یا به شدت تغییر دهند. از سوی دیگر، حتی یک تغییر کوچک در عملکرد یا قیمت پلتفرم یا زیرساخت ارائه شده می‌تواند تأثیر زیادی بر عملکرد یا قیمت نرم‌افزاری که با استفاده از آن طراحی شده است داشته باشد. تمامی اینها باعث وابستگی مشتریان به ارائه دهندگان PaaS می‌شود.

چالش‌های امنیتی

در برخی موارد، ارائه دهنده PaaS، داده‌های یک نرم‌افزار را به کمک یک ارائه دهنده IaaS دیگر ذخیره کند. این امر، ارزیابی و آزمایش کامل تمهیدات امنیتی برای محافظت از نرم‌افزار و داده‌های آن را دشوار می‌کند. از سوی دیگر امنیت PaaS در اختیار شرکت‌های ارائه‌دهنده خدمات رایانش ابری است و کسب‌وکارها را اساساً در برابر رفتارهای ارائه‌دهنده آسیب‌پذیر می‌کند. بنابراین مشتریان مجبور می‌شوند با هر خط مشی امنیتی که آنها انتخاب می‌کنند، کنار بیایند.

چالش‌های زیرساخت

از آنجایی که راهکارهای PaaS از زیرساخت‌های شرکت‌های ارائه دهنده آنها استفاده می‌کنند، عملکرد آنها اغلب به کیفیت و سرعت زیرساخت این شرکت‌ها بستگی دارد. بنابراین اگر زیرساخت های موجود برای رایانش ابری مورد نظر شما مناسب نباشد، ممکن است ناچار به تغییر سرویس یا استفاده از خدمات IaaS باشید.

مشکلات سازگاری

ابزارهایی که در سرویس‌های PaaS ارائه می‌شود ممکن است با برخی از ابزارهای محلی و یا نیازهای عملیاتی شما سازگار نباشد. با توجه به اینکه سفارشی‌سازی ابزارهای PaaS تنها به اختیار شرکت ارائه‌دهنده است، این می‌تواند برای کسب و کارهای مشتری آن ایجاد مشکل کند.

محدودیت مقیاس پذیری

هرچند همه راهکارهای ابری تا حدی مقیاس پذیر هستند، اما میزان مقیاس پذیری راهکارهای PaaS نسبت به راهکارهای IaaS کمتر است و استفاده از آن را برای کسانی که انتظار رشد بزرگی را در میزان نیاز آتی خود به این پلتفرم‌ها دارند، چالش برانگیز خواهد بود. این موضوع همچنین برای کسب و کارهایی که میزان نیاز آنها در فصول مختلف سال، اختلاف قابل توجهی دارد، می‌تواند مشکل‌ساز باشد.

نداشتن کنترل و قابلیت سفارشی‌سازی

مشتریان کنترل کمی روی ویژگی‌ها و قیمت راهکارهای PaaS داشته و امکان سفارشی‌سازی آنها را ندارند. بنابراین مثلاً هر زمان که ارائه‌دهنده راهکار PaaS قیمت‌گذاری خود را افزایش دهد، قیمت نرم‌افزارهای تولید یا ارائه شده توسط مشتری نیز می‌تواند گران شود. بنابراین، مهم است که ارائه‌دهنده PaaS خود را هوشمندانه انتخاب کنید.

قابلیت اطمینان پایین

مشتریان راهکارهای PaaS اغلب نگران میزان قابل اطمینان‌بودن این خدمات هستند. زیرا ممکن است قطعی برق، سوانح طبیعی یا سایر مشکلات منجر به اثرات مخربی بر عملیات‌های تجاری مشتریانی که از خدمات PaaS استفاده می‌کنند شود. بنابراین هنگام استفاده از PaaS، کاربران باید برای مواجهه با خرابی‌های مکرر آماده باشند و برای جلوگیری از از دست رفتن داده‌ها، همواره از آنها نسخه پشتیبان تهیه کنند.

چالش یکپارچگی

مشابه مشکلات سازگاری، هر ارائه‌دهنده PaaS فرآیندهای خاص خود را برای یکپارچه‌سازی میان نرم‌افزارهای مختلف دارد که ممکن است برای رفع نیازهای مشتریان کافی نباشد. از سوی دیگر راهکارهای مختلف PaaS را نیز نمی‌توان با یکدیگر ادغام کرد، تا جایی که حتی تغییر ارائه‌دهنده PaaS نیز کار آسانی نیست. بنابراین مشتریان باید به امکان سرویس PaaS مورد نظر خود برای یکپارچه‌سازی نرم‌افزارهای مختلف توجه کنند.